Encontrado(s) 2203151 resultado(s)
Encontrada(s) 220316 página(s)

The integration of transcriptome and epigenome in the association of mosaic loss of chromosome Y (mLOY) and cancer

  • Jené Cortada, Aina
It has been demonstrated that mosaic loss of chromosome Y (mLOY) is associated with aging and age-related disease such as cancer [1, 2] or Alzheimer's disease [3]. However, the integrate mechanisms of gene expression and methylation of mLOY have been poorly evaluated to date. In order to ll this gap, a total of 9.927 samples belonging to The Cancer Genome Atlas project were analyzed. LOY status was inferred from SNP-array data using our MADloy tool [4]. Association analysis revealed that the pooled odds ratio (OR) of association between mLOY and tumor samples was 8.04 (CI95% 4.60 { 14.06). Di erences in the magnitude of the OR were observed across cancer types, with no association with prostate cancer and high association with kidney tumor. Transcriptomic data analysis showed that only genes in chromosome Y were down-regulated having strong e ect in kidney, bladder and lung cancer. Epigenomic studies provided a large list of CpGs associated with LOY in Y chromosome as well as in autosomes. Gene enrichment analysis revealed a range of pathways involved in mLOY that vary across tumors. These include biosynthetic and metabolic processes, demethylation and immune response. In summary, we have established an unavoidable association between mosaic LOY events and cancer, adding the association of both, transcriptome and epigenome.

Determinants of gut microbiota in 7-year old children from INMA birth cohort: a pilot study

  • Llambrich Rodríguez, Maria
Introduction: Gut microbiota plays an important role in humans. Its composition changes from birth to adulthood. Type of delivery, antibiotics use, diet, obesity, and host genetics, among others have been associated with gut bacterial composition. However, associations are not conclusive and not many studies have evaluated these factors in childhood. Objective: To evaluate the association of several factors with gut microbiota composition in 7-year children from the INfancia y Medio Ambiente (INMA) project. Methods: 154 stool samples were collected at the age of 7-years and gut composition assessed with the 16S rDNA method. The association between 14 factors and alpha and beta diversity was evaluated. We also performed a differential analysis for each taxon in respect to each factor. Multiple testing was controlled with the False Discovery Method (FDR). Results: Gut microbiota was heterogeneous among children, being Bacteroidetes and Firmicutes the more prevalent phyla. Higher number of siblings, consistent with lower maternal education, was robustly associated with higher alpha diversity. Mode of delivery was associated with overall gut diversity (Bray-Curtis dissimilarity). Overweight/obese had higher evenness and higher levels of Firmicutes. Fucosyltransferase 2 (FUT2) non-secretor children (rs601338 sese genotype) had higher evenness and higher levels of Rhodospirillales, Lachnospiraceae and Roseburia. Conclusions: As in adults, gut microbiota in 7-year children was heterogeneous and dominated by Bacteroidetes and Firmicutes. Determinants explained a small proportion of the gut bacterial composition.

Functional annotation pipeline for the analisys of microarray data with regards to subcellular protein localization

  • Noguera Vila-Masana, Maria
Subcellular protein localization prediction is a bioinformatics approach (faster and cheaper than experimental procedure) to determine the targeting location of proteins into the cell organelles. Therefore, many programs exist to address this issue, but TPpred is the most up-to-date option regarding mitochondria targeting prediction. On the other hand, the development of a Drosophila melanogaster transgenic model to study mitochondria-related diseases in humans has brought up many questions. Some mitochondria mechanisms are still not explored. The translation pathways present in mitochondria have similarities to the ones present in the cytosol. But they are older, essential in the origins of live and also in the eukaryote cell development from prokaryotes. A new paralog of the seryl tRNA synthetize enzyme that catalyses aminoacylation of tRNASer was found in insects. The SLIMP protein, which is not a Seryl tRNA synthetases(SRS) anymore, is now known to interact with SRS2 and LON protease, a fact that can lead to a modulation in both mitochondrial translation and replication, respectively. A microarray of the knock-down of SLIMP expression in S2 D.melanogaster cells was performed and their analyzed row data gives rise to the current pipeline reported. The functional annotation pipeline developed is a new analysis procedure to describe differences in transcriptome considering mitochondria targeting status in a microarray-wide approach. Proportions tests is performed, which in our data did not report a significative increase or depletion of mitochondria targeted transcript products under the SLIMP knockdown condition. Moreover, the GO enrichment analysis suggested an imbalance in serine metabolism that extends to the selenocysteine biosynthetic pathway. CG1427 protein is behind this enrichment result, taking into account its up-regulation status from microarray and its mitochondria status from the Ttpred prediction. However, since this and other proteins (5%) are theoretical (one analysis step deals with genes having proteins targeted to mitochondria as well as outside of it, due to differences in their sequence from alternative splicing process), experimental evidence should support this results.
Ver en:

StP: a web server to predict pathogenesis of non-synonymous single nucleotide polymorphisms in membrane proteins

  • Reina Fuente, Iker
Next-generation sequencing has speed up the process of sequencing a complete human genome, while reducing the cost. Consequently its use is increasing in healthcare in order to identify genetic variations and its association with pathology. Single Nucleotide Variants are the most common form of DNA variation in human population and consists in a change in a single nucleotide. One of the current challenges is to be able to predict if a single nucleotide polymorphism can be associated to a single-genetic diseases. Thus, in order to identify the variant among hundreds of variants in a genome that is the cause of a single genetic disease, in silico mutation prediction tools have been developed these lasts years. These tools are based in mathematical, rule-based, and statistical learning methods relying on evolutionary, sequence, or structural information methods to characterize if a residue substitution in proteins is affecting its structure and function. These tools are mainly developed for globular proteins. In order to develop a mutation predictor server specific for membrane proteins, we have developed Single Nucleotide Polymorphisms Transmembrane Predictor (StP). This web server aims to predict if a missense mutation in a transmembrane region of a membrane protein is likely to affect the structure and/or function of a protein and consequently being damaging. The predictive algorithm is based on the entropy of the mutated position, the frequency of the non-mutated amino acid and the frequency of the mutated amino acid computed from Pfam multiple sequence alignments and also on the score associated to the amino acid change. Comparison to existing mutation server shows that StP improves the specificity, although loosing sensitivity in the prediction if a SNP is damaging or not in a membrane protein.

Disseny i dimensionat d’una instal·lació industrial de vapor

  • Benet Cáliz, Josep Maria
Aquest Treball de final de Grau està basat en el disseny i dimensionament d’una instal·lació industrial de vapor, destinada a proporciona l’energia calorífica necessària a una industria làctia per du a terme un procés tèrmic per tractar la llet de vaca crua, aquest procés és conegut com a ultra high temperature (UHT) i està marcat per un diagrama de flux i unes condicions de treball dels dos fluids. La base del projecte comença determinant, a partir de formules matemàtiques orientades a càlculs termodinàmics, aquestes necessitats calorífiques necessàries a subministrar per assolir els increments de temperatura del producte làctic en els diferents punts del procés. Paral·lelament i a partir d’una representació 3D es tracen les canalitzacions que formen la xarxa de distribució, dins d’uns emplaçaments físics que representen les zona de processos. A partir de les necessitats calorífiques i les condicions dimensionals de la instal·lació, es comença a determinar les seccions de les tuberies necessàries per el transport del vapor d’aigua, sempre complint les condicions de disseny de pressió i temperatura del vapor ja que la secció de les canalitzacions influeix. Com a càlculs tèrmics també es desenvolupa un estudi de les pèrdues de calor per superfície de les tuberies, utilitzant dos sistemes on el primer és a partir de càlculs matemàtics, i el segon a partir de simulacions tèrmiques per ordinador, i aquests resultats són sospesats i contrastats. A partir d’aquí, posteriorment es determina un aïllament tèrmic per reduir aquestes pèrdues i es repeteix l’operació anterior. I com a últim punt del disseny es modela un sistema PID per el control dels punts de consum i gestionar el cabal de vapor en funció de la necessitat de temperatura del producte. Els objectius han sigut la resolució de cadascun dels punts que marquen la pauta del disseny, i s’arriba a conclusions satisfactòries observant que els resultats obtinguts en tots els càlculs tenen coherència i es troben dins de valors raonables. Aquests resultats que son producte de la relació entre les pautes de procés UHT, les restriccions dimensionals de la instal·lació i les condicions dels fluids marcats en el disseny, estan estretament relacionades durant tot el desenvolupament, on la utilització de càlculs matemàtics i d’eines assistides per ordinador han donat lloc al dimensionat d’una instal·lació industrial de vapor que per la seva finalitat pot esdevenir adequada, i han atorgat una ampliació de coneixements de condicions de treball de diferents fluids, materials, components, sistemes de regulació i de capacitats de disseny que poden ser molt útils per un entorn professional futur. Un treball de fi de grau que s’espera que pugui ser una guia de procediment o font de consulta per la realització d’estudis relacionats en instal·lacions tèrmiques de fluids.

Análisis del éxito de incubación de la tortuga lora (Lepidochelys olivacea) en función del manejo de los nidos. Península de Osa, Costa Rica

  • Malmierca Pérez, Atenea
En este trabajo de final de grado se expone un análisis del éxito de incubación (éxito de eclosión y éxito de emergencia) de la tortuga lora (Lepidochelys olivacea) en las playas Carate y La Leona (Península de Osa, Costa Rica), según los diferentes métodos de manejo de nidos realizados (nidos in situ, nidos reubicados en playa y nidos reubicados en el vivero). El objetivo principal de este trabajo es ver si tanto el manejo de los nidos, como la temperatura de la arena y el recubrimiento herbáceo, arbustivo y arbóreo que hay alrededor del nido, afectan a este éxito de incubación en nuestra zona de estudio. De esta manera, establecer qué tipo de manejo de los nidos es mejor utilizar, teniendo en cuenta las amenazas ambientales y antropológicas presentes en la zona. Para llevar a cabo estos objetivos, se han realizado exhumaciones de todos los tipos de nidos y se ha calculado el éxito de eclosión y de emergencia de cada nido. Posteriormente, se han analizado estadísticamente los resultados con el programa R. Los resultados obtenidos nos muestran que no hay diferencias significativas del éxito de eclosión y de emergencia entre los diferentes tipos de nidos, así como tampoco influye la diferente temperatura que hay entre las zonas donde hay nidos, ni el recubrimiento de la vegetación que hay alrededor. De todas maneras, nos encontramos que la depredación y el saqueo de huevos son constantes en las playas, por lo que se puede asegurar que la estrategia de reubicar nidos en el vivero permite garantizar la conservación de los nidos en nuestra zona de estudio.
Ver en:

Implementació d’un nou sistema de gestió dels fluxos logístics d’un procés de muntatge de reposacaps

  • Fernandez Sandiumenge, Aina
El següent treball de final de grau “Implementació d’un nou sistema de gestió dels fluxos logístics d’un procés de muntatge de reposacaps” està basat en la implementació d’eines de la metodologia Lean Manufacturing per a l’optimització del nou sistema de gestió dels fluxos logístics en un entorn de muntatge de reposacaps a l’empresa FoamTec mitjançant un conveni de cooperació educativa dintre del departament de logística. Aquest projecte es va iniciar amb l’objectiu de realitzar un canvi dintre del procés logístic amb la finalitat d’absorbir el creixement dels projectes existents i la incorporació de nous, per tal de que aquest creixement tingués el mínim impacte possible pel que fa a l’espai en el magatzem i el lead time del producte. El treball esta dividit en tres parts diferents. Una primera està formada per l’anàlisi de la situació inicial de la planta, gràcies a diagrames i un estudi de temps es va poder fer una tria de les eines necessàries que calia aplicar per a la millora. La segona part del treball explica les eines aplicades de la metodologia Lean. Finalment, a la tercera part s’analitzen, amb els mateixos diagrames, l’estat final de la planta. A l’utilitzar les mateixes eines d’anàlisi permet comparar els dos estats i poder extreure unes conclusions. En la realització d’aquest treball, s’han pogut comprovar de primera mà els avantatges i inconvenients que comporta aplicar una nova metodologia de treball dintre d’un àmbit productiu. Aquest aplicació pràctica està composta per eines com les 5S, les quals pretenen crear un lloc de treball ordenat i net o estàndards de treball, els quals tenen com a objectiu eliminar tot el desaprofitament relacionat amb tasques de manipulació i transport.
Ver en:

Edició genòmica mitjançant la tècnica CRISPR-Cas per l’estudi de la síndrome de Rett

  • Jorba Plassa, Ariadna
El sistema CRISPR-Cas és un mecanisme de defensa utilitzat per alguns bacteris per eliminar virus o plàsmids invasius. Està format per una proteïna anomenada Cas, la qual té activitat nucleasa i s’encarrega de tallar l’ADN, i d’un ARN guia que dirigeix la proteïna Cas a la seqüència d’ADN que es vol editar. Aquesta edició és possible gràcies a la complementarietat de l’ARN guia amb la seqüència d’interès. Produïda l’escissió en el genoma, s’activen els mecanismes naturals de reparació de l’ADN fragmentat, creant d’aquesta manera l’aparició d’insercions i delecions. Per contra, si es proporciona una seqüència d’ADN que serveixi com a plantilla durant la reparació, s’obtenen canvis concrets en posicions específiques. Una altra aplicació de la tècnica CRISPR és la regulació transcripcional de gens sense modificar permanentment la seva seqüència. Actualment l’ús d’aquesta tècnica té grans avantatges degut a la seva precisió i varietat d’aplicacions, i és per això que el grup de recerca del PEBC de l’IDIBELL, dirigit per Manel Esteller, té l’objectiu de crear models cel·lulars per l’estudi de la síndrome de Rett mitjançant aquesta tecnologia. Per assolir aquest objectiu, en el present treball s’han treballat 3 aspectes diferents del sistema CRISPR-Cas. Per una banda s’ha realitzat l’estudi de l’inconvenient més freqüent, els off target. Per altra banda, s’ha intentat aplicar la nova utilitat basada en una Cas9 modificada, dCas9, per modificar l’expressió d’un gen. Per últim, s’ha iniciat la creació d’una línia cel·lular knock out pel gen CDKL5, que és el causant d’un trastorn amb fenotips molt semblants als de la síndrome de Rett. Pel que fa a l’anàlisi dels off target, s’han obtingut els resultats positius. En referència als altres dos estudis, s’ha de dir que el grup d’investigació es troba en l’inici del projecte i, per tant, no se’n poden extreure resultats concloents. Així doncs, s’ha de seguir treballant en les diferents estratègies per tal d’arribar a l’aplicació més optima de la tècnica CRISPR-Cas en l’estudi de la síndrome de Rett.

Estudi experimental de l’aprenentatge i la transmissió d’informació social/cultural en ximpanzés

  • Subirà Muñoz, Ruth
En aquest Treball de Final de Grau s’exposen els resultats de l’estudi experimental de l’aprenentatge i la transmissió d’informació social/cultural en un grup de ximpanzés. L’objectiu principal d’aquest estudi és el d’avaluar les capacitats d’aprenentatge i transmissió de nova informació en un grup de ximpanzés, avaluant si l’addició d’una tasca problema suposa algun efecte positiu en el benestar dels individus. La metodologia emprada en aquest treball va ser a partir el model ““two action task” dissenyat per Whiten et al. (2005), on l’experimentador mostra a un grup d’individus com resoldre la tasca amb una de les maneres possibles i amb la intensió de que aquesta sigui transmesa a la resta del grup. Els individus del grup tenen la tasca disponible per ser resolta des de moment en que l’experimentador els mostra com fer-ho. A partir de les dades resultants de la implementació d’aquesta tasca problema, es va concloure que l’edat dels individus tenia un paper significativament important en la transmissió de nova informació i que la presència de la tasca-problema va suposar una millora en el benestar dels individus. Aquest pot ser un bon punt de partida cap a uns estudis amb poblacions més grans i variades, on s’afegeixi un grup control i augmentat el nombre de tasques, per tal de confirmar quines són les capacitats d’aprenentatge i transmissió de nova informació en ximpanzés (Pan troglodytes).
Ver en:

Immunohistoquímica d’artèries porcines per a la detecció de la làmina basal endotelial

  • Cano Rifà, Anna
Avui en dia les malalties cardiovasculars són una de les principals causes de mort en els països desenvolupats. Per això, un dels reptes de la bioenginyeria de teixits és aconseguir un implant arterial amb les propietats d’una artèria sana. Una tècnica prometedora dins d’aquest camp és la descel·lularització arterial. El principal repte a superar d’aquet mètode és evitar el risc trombogènic dels implants. És per això que la línia de recerca en Mecanismes de reparació i regeneració de teixits del TR2Lab té com a objectiu analitzar diferents estratègies de descel·lularització que permetin la recel·lularització funcional de l’endoteli evitant el risc trombogènic a partir de la preservació de la làmina basal. Aquest Treball de Fi de Grau ha contribuït a la recerca d’aquesta línia d’investigació. Així doncs, l’objectiu principal d’aquest Treball de Fi de Grau és posar a punt una immunohistoquímica (IHC) amb la finalitat de detectar la laminina present a la cara luminal de la paret arterial. D’aquesta manera poder determinar el grau de preservació de la làmina basal per una reendotelització eficient després del procés de descel·lularització. Per assolir aquest objectiu s’ha treballat a partir de mostres d’artèries caròtides i coronàries incloses en parafina. S’han realitzat tincions histològiques i immunohistoquímiques per estudiar l’estructura arterial general, la presència de nuclis cel·lulars en mostres descel·lularitzades, així com, la presència de laminina en la membrana basal de la túnica íntima. Els resultats obtinguts han obligat a optimitzar els protocols estàndards de preparació de mostres histològiques per tal d’obtenir bones preparacions histològiques. Sobre la decel·lularització s’han aconseguit bons resultats eliminant els nuclis cel·lulars. Pel que fa a la IHC s’ha aplicat el mètode de recuperació d’antigen en el protocol, obtenint així senyal de la laminina, present en la làmina basal. Aquests resultats permetran en estudis posteriors avaluar l’estat de la làmina basal de les artèries descel·lularitzades amb els mitjans que es pot disposar als laboratoris de biociències de la UVIC-UCC.

Buscador avanzado