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Dataset. 2023

MOPREDASCENTURY: A LONG-TERM MONTHLY PRECIPITATION GRID FOR THE SPANISH MAINLAND V.1.0.0 [DATASET]

MOPREDASCENTURY_PP_1916-2015

  • Beguería, Santiago
  • Peña-Angulo, Dhais
  • Trullenque Blanco, Víctor
  • González Hidalgo, José Carlos
[EN] A gridded data set on monthly precipitation over mainland Spain between December 1915 and December 2015. The dataset combines ground observations from the National Climate Data Bank (NCDB) of the Spanish national climate and weather service (AEMET) and new data rescued from meteorological yearbooks published prior to 1951 that was never incorporated into the NCDB. The yearbooks data represented a significant improvement of the dataset, as it almost doubled the number of weather stations available during the first decades of the 20th century, the period when the dataset was more scarce. The final dataset contains records from over 10k stations. Spatial interpolation was performed using geostatistical techniques over a regular 10x10 km grid, using a two-stage process: estimation of the probability of zero-precipitation (dry month), and estimation of precipitation magnitude. The data set is shared under a Open Data Commons Attribution (ODC-By) License., [ES] Conjunto de datos en rejilla de precipitación mensual en la España peninsular, entre diciembre de 1915 y diciembre de 2020. El conjunto de datos utilizado combina observaciones del Banco Nacional de Datos de AEMET y nuevos datos rescatados de los anuarios climáticos publicados con anterioridad a 1951, y que casi duplican la información existente sobre la primera mitad del siglo 20. El conjunto final contiene información de más de 10.000 observatorios. Se utilizaron técnicas geoestadísticas para interpolar espacialmente las observaciones sobre una rejilla regular de 10x10 km, utilizando un proceso en dos pasos: en primer lugar se interpoló la probabilidad de mes seco (precipitación igual a cero), y en un segundo paso la magnitud de la precipitación. La base de datos se distribuye bajo una licencia abierta (Open Data Commons Attribution, ODC-By)., Project CGL2017-83866-C3-3-R (CLICES: Climate of the last Century in the Spanish mainland), funded by the Spanish Ministry of Science., Infofile, grid, Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/341441
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Dataset. 2023

INFORME PROGRAMAS DE SEGUIMIENTO EN ESPAÑA: ESPECIES MARINAS AMENAZADAS

  • Kaplan, Andrea
  • Marambio, Macarena
  • López-Sendino, P.
  • Agell, Gemma
  • Chic, Óscar
  • Espeja, Sandra
  • García González, María
  • Vicioso, María
  • Vilanova, Martí
  • Rendal Freire, Sara
  • Furndarena Hernández, Asier Borja
  • Caro Torti, María Belén
  • Martín Solà, Marc
  • González Navarro, Jesús
  • Herrera Pérez, Rogelio
  • Moro Abad, Leopoldo
  • Ayza, Olga
  • Garrabou, Joaquim
DISPONIBLE PRÓXIMAMENTE, Este informe tiene como objetivo identificar por primera vez el grado de implementación y la tipología de los programas de seguimiento presentes en las costas españolas. Para ello, se han analizado los programas de seguimiento puestos en marcha por las comunidades autónomas de España mediante una exhaustiva revisión bibliográfica y un proceso de consulta con los administradores de los servicios responsables de la gestión de la biodiversidad correspondientes. El análisis se realizó sobre una selección de 255 especies (78% del total). Este conjunto incluye diversos grupos taxonómicos y consideramos que su análisis ofrece una imagen representativa del grado de implementación y tipología de los programas de seguimiento en las costas españolas. Los resultados obtenidos muestran que, de esas 255 especies amenazadas de España, sólo 76 cuentan con algún tipo de seguimiento en alguna comunidad autónoma, lo que constituye solo un 29,8% del total de especies analizadas. Por otra parte, si consideramos los programas de seguimiento a nivel de cada comunidad autónoma donde están presentes las especies amenazadas, los resultados muestran que de los 1837 programas de seguimiento que deberían haber sido implementados en España, solamente se realizan 214, lo que representa sólo un 11,6%. Ante la evidente falta de programas de seguimiento, este informe analiza también el potencial de aportar información sobre la distribución y estado de las poblaciones de las especies amenazadas en dos de las principales plataformas de ciencia ciudadana marina en España: Observadores del Mar y RedPROMAR. Hasta la fecha del presente análisis, las plataformas Observadores del Mar y RedPROMAR han reportado información sobre 66 y 104 especies respectivamente, lo que representa un 40,7% y un 60,8% de las especies amenazadas potencialmente reportables por cada plataforma. En conclusión, el grado de implementación de los programas de seguimiento de especies amenazadas en España es deficiente. Durante la realización de este informe se ha puesto claramente de manifiesto la falta de un sistema de comunicación dedicado al reporte de la información, en concreto, sobre los programas de seguimiento de las especies incluidas en el marco de los diferentes Convenios nacionales e internacionales. Ante esta falta de información, es urgente dar un impulso decidido a la implementación de programas de seguimiento en las diferentes comunidades autónomas, reforzando aquellos existentes e iniciando aquellos que faltan. Igualmente, se recomienda desarrollar un sistema de reporte de información de los seguimientos (u optimizar los existentes). También se recomienda incluir las iniciativas de ciencia ciudadana marina como Observadores del Mar y RedPROMAR para contribuir de forma complementaria a los programas de seguimiento. La adopción de estas recomendaciones permitirá evaluar de forma más eficaz el estado de conservación de las especies amenazadas en España y poder adptar medidas más efectivas., Peer reviewed

Proyecto: //
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Dataset. 2023

MOPREDAS: A MONTHLY PRECIPITATION GRID FOR THE SPANISH MAINLAND [DATASET]

MOPREDAS_PP_1950-2010

  • González Hidalgo, José Carlos
  • Peña-Angulo, Dhais
  • Brunetti, Michele
  • Cortesi, Nicola
Units: mm*10., [EN] A gridded data set on monthly precipitation over mainland Spain between January 1950 and December 2010. The dataset was developed from ground observations from the National Climate Data Bank (NCDB) of the Spanish national climate and weather service (AEMET). Spatial interpolation was performed using geostatistical techniques over a regular 10x10 km grid. The data set is shared under a Open Data Commons Attribution (ODC-By) License., [ES] Conjunto de datos en rejilla de precipitación mensual en la España peninsular, entre enero de 1950 y diciembre de 2020. El conjunto de datos ha sido desarrollado a partir de observaciones del Banco Nacional de Datos de AEMET. Se utilizaron técnicas geoestadísticas para interpolar espacialmente las observaciones sobre una rejilla regular de 10x10 km. La base de datos se distribuye bajo una licencia abierta (Open Data Commons Attribution, ODC-By)., Project CGL2011-27574-C02-01 (HIDROCAES: IMPACTOS HIDROLÓGICOS DEL CALENTAMIENTO GLOBAL EN ESPAÑA-1), funded by the Ministry of Science and Innovation (Spanish Government)., Infofile, grid., Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/341443
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Dataset. 2023

MOTEDASCENTURY: A LONG-TERM MONTHLY TEMPERATURE GRID FOR THE SPANISH MAINLAND V.1.1.0 [DATASET]

MOTEDASCENTURY_TMAX_TMIN_1916-2020

  • Beguería, Santiago
  • Peña-Angulo, Dhais
  • Trullenque Blanco, Víctor
  • González Hidalgo, José Carlos
Units: Celsius degrees., A gridded data set on monthly temperature (maximums -Tmax- and minimums -Tmin- values) over mainland Spain between December 1915 and December 2020. The dataset combines ground observations from the National Climate Data Bank (NCDB) of the Spanish national climate and weather service (AEMET) and new data rescued from meteorological yearbooks published prior to 1951 that was never incorporated into the NCDB. The yearbooks data represented a significant improvement of the dataset, as it almost doubled the number of weather stations available during the first decades of the 20th century, the period when the dataset was more scarce. The final dataset contains records from 5,259 stations. Spatial interpolation was performed using geostatistical techniques over a regular 10x10 km grid. The data set is shared under a Open Data Commons Attribution (ODC-By) License., [ES] Conjunto de datos en rejilla de temperatura mensual en la España peninsular (valores máximos -Tmáx- y mínimos -Tmín-), entre diciembre de 1915 y diciembre de 2020. El conjunto de datos utilizado combina observaciones del Banco Nacional de Datos de AEMET y nuevos datos rescatados de los anuarios climáticos publicados con anterioridad a 1951, y que casi duplican la información existente sobre la primera mitad del siglo 20. El conjunto final contiene información de un total de 5.259 observatorios. Se utilizaron técnicas geoestadísticas para interpolar espacialmente las observaciones sobre una rejilla regular de 10x10 km. La base de datos se distribuye bajo una licencia abierta (Open Data Commons Attribution, ODC-By)., Project CGL2017-83866-C3-3-R (CLICES: Climate of the last Century in the Spanish mainland), funded by the Spanish Ministry of Science., Infofile, grid., Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/341450
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Dataset. 2023

MOTEDASCENTURY: A LONG-TERM MONTHLY TEMPERATURE GRID FOR THE SPANISH MAINLAND V.1.0.0 [DATASET]

MOTEDASCENTURY_TMAX_TMIN_1916-2015

  • González Hidalgo, José Carlos
  • Peña-Angulo, Dhais
  • Beguería, Santiago
  • Brunetti, Michele
Units: Celsius degrees*10., [EN] A gridded data set on monthly temperature (maximums -Tmax- and minimums -Tmin- values) over mainland Spain between December 1915 and December 2015. The dataset combines ground observations from the National Climate Data Bank (NCDB) of the Spanish national climate and weather service (AEMET) and new data rescued from meteorological yearbooks published prior to 1951 that was never incorporated into the NCDB. The yearbooks data represented a significant improvement of the dataset, as it almost doubled the number of weather stations available during the first decades of the 20th century, the period when the dataset was more scarce. The final dataset contains records from 5,259 stations. Spatial interpolation was performed using geostatistical techniques over a regular 10x10 km grid. The data set is shared under a Open Data Commons Attribution (ODC-By) License., [ES] Conjunto de datos en rejilla de temperatura mensual en la España peninsular (valores máximos -Tmáx- y mínimos -Tmín-), entre diciembre de 1915 y diciembre de 2015. El conjunto de datos utilizado combina observaciones del Banco Nacional de Datos de AEMET y nuevos datos rescatados de los anuarios climáticos publicados con anterioridad a 1951, y que casi duplican la información existente sobre la primera mitad del siglo 20. El conjunto final contiene información de un total de 5.259 observatorios. Se utilizaron técnicas geoestadísticas para interpolar espacialmente las observaciones sobre una rejilla regular de 10x10 km. La base de datos se distribuye bajo una licencia abierta (Open Data Commons Attribution, ODC-By)., Project CGL2017-83866-C3-3-R (CLICES: Climate of the last Century in the Spanish mainland), funded by the Spanish Ministry of Science., Infofile, grid., Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/341454
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Dataset. 2023

MOTEDAS: A MONTHLY TEMPERATURE GRID FOR THE SPANISH MAINLAND [DATASET]

MOTEDAS_TMAX_TMIN_1950-2010

  • González Hidalgo, José Carlos
  • Peña-Angulo, Dhais
  • Brunetti, Michele
  • Cortesi, Nicola
Units: Celsius degrees*10., [EN] We have developed a new monthly temperature database for mainland Spain by using the complete holding of maximum and minimum monthly mean values stored at the Spanish National Meteorological Agency (AEMet). After an exhaustive quality control exercise, the data set includes 1358 complete series, and a high-resolution grid (0.1° × 0.1°) was calculated for 1950-2010 period., [ES] Hemos desarrollado una nueva base de datos de temperaturas mensuales para la España peninsular utilizando los valores medios mensuales máximos y mínimos almacenados en la Agencia Estatal de Meteorología (AEMet). Tras un exhaustivo ejercicio de control de calidad, el conjunto de datos incluye 1358 series completas, y se ha calculado una malla de alta resolución (0,1° × 0,1°) para el periodo 1950-2010., Project HIDROCAES (CGL2011-27574-C02-01), funded by the Ministry of Science and Innovation (Spanish Government)., Infofile, grids., Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/341458
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oai:digital.csic.es:10261/341541
Dataset. 2017

DATA FROM: PROTASR: AN EVOLUTIONARY FRAMEWORK FOR ANCESTRAL PROTEIN RECONSTRUCTION WITH SELECTION ON FOLDING STABILITY

  • Arenas, Miguel
  • Weber, Claudia C.
  • Liberles, David A.
  • Bastolla, Ugo
Simulated data: For all the studies protein families (DNAK, DDL, TPIS, TRPA, TRXB, SH2). - The folder “*SimulatedANDinferredDATA” includes all simulated (true) protein sequence alignments and inferred with ProtASR under MF and the empirical JTT model (both for joint and marginal ASR) - The folder “*ComputedEnergiesFromData” includes the calculated energies of sequences of every MSA (files *.dat)., Real data: Files of the analysis based on real data are shown in the folder “RealData”, for the studied protein families (DNAK, DDL, TPIS, TRPA, TRXB). MSA and phylogenetic tree are in .fas/.nex formats and Newick format, respectively. Energies are shown in the .dat file and printed on the tree in files *Energies.tre (we recommend open them with FrigTree)., The computational reconstruction of ancestral proteins provides information on past biological events and has practical implications for biomedicine and biotechnology. Currently available tools for ancestral sequence reconstruction (ASR) are often based on empirical amino acid substitution models that assume that all sites evolve at the same rate and under the same process. However, this assumption is frequently violated because protein evolution is highly heterogeneous due to different selective constraints among sites. Here, we present ProtASR, a new evolutionary framework to infer ancestral protein sequences accounting for selection on protein stability. First, ProtASR generates site-specific substitution matrices through the structurally constrained mean-field substitution model (MF), which considers both unfolding and misfolding stability. We previously showed that MF models outperform empirical amino acid substitution models, as well as other structurally constrained substitution models, both in terms of likelihood and correctly inferring amino acid distributions across sites. In the second step, ProtASR adapts a well-established maximum-likelihood (ML) ASR procedure to infer ancestral proteins under MF models. A known bias of ML ASR methods is that they tend to overestimate the stability of ancestral proteins by under-estimating the frequency of deleterious mutations. We compared ProtASR under MF to two empirical substitution models (JTT and CAT), reconstructing the ancestral sequences of simulated proteins. ProtASR yields reconstructed proteins with less biased stabilities, which are significantly closer to those of the simulated proteins. Analysis of extant protein families suggests that folding stability evolves through time across protein families, potentially reflecting neutral fluctuation. Some families exhibit a more constant protein folding stability, while others are more variable. ProtASR is freely available from https://github.com/miguelarenas/protasr and includes detailed documentation and ready-to-use examples. It runs in seconds/minutes depending on protein length and alignment size., Peer reviewed

Proyecto: //
DOI: http://hdl.handle.net/10261/341541
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oai:digital.csic.es:10261/341743
Dataset. 2023

SUPPLEMENTARY MATERIALS FOR EVALUATION OF THE LONG-LASTING FLAVOUR PERCEPTION AFTER THE CONSUMPTION OF WINES TREATED WITH DIFFERENT TYPES OF OENOLOGICAL ADDITIVES CONSIDERING INDIVIDUAL 6-N-PROPYLTHIOURACIL TASTER STATUS

  • Velázquez-Martínez, Rafael I.
  • Criado, Celia
  • Muñoz-González, Carolina
  • Crespo, Julia
  • Pozo-Bayón, Mª Ángeles
Table S1: Chemical compositions of the control wines without oenological additives (average values); Table S2: Chemical compositions of the oenological additives used in this study., Peer reviewed

Proyecto: //
DOI: http://hdl.handle.net/10261/341743
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oai:digital.csic.es:10261/341750
Dataset. 2023

ELECTRONIC SUPPLEMENTARY MATERIAL TO: EVOLUTION OF ANTHOCYANIN CONTENT DURING GRAPE RIPENING AND CHARACTERIZATION OF THE PHENOLIC PROFILE OF THE RESULTING WINE BY COMPREHENSIVE TWO-DIMENSIONAL LIQUID CHROMATOGRAPHY

  • Oliveira Lago, Laura
  • Swit, Pawel
  • Moura da Silva, Mairon
  • Telles Biasoto Marques, Aline
  • Welke, Juliane
  • Montero, Lidia
  • Herrero, Miguel
Table S1. Columns used for the optimization of the HILIC × RP method used in the present research. Table S2. Identification proposed for the anthocyanins evaluated in the grape samples during ripening for a 10-week period. Figure S1. C18-RP 1DLC analysis of grape W9 (A) and wine (B). Blue: separation acquired at 280 nm; red: separation acquired at 520 nm. Figure S2. Chromatograms (280 nm) obtained for the HILIC separations obtained from a grape sample after optimization in a Zic-HILIC (A), diol (B) and silica (C) columns. Separation conditions are shown in inserts. Figure S3. Chromatograms (280 nm) obtained for the RP-based separations obtained from a grape sample after optimization in a PFP (A) and C18 (B) columns. Separation conditions are: flow rate 2 ml min-1 (Panel A) or 3 ml min-1 (panel B); elution with water (0.1% formic acid, solvent A) and acetonitrile (solvent B) as mobile phases. Specific gradients were shown in the respective chromatogram. Figure S4. 2D contour plots from the polyphenolic fraction of a grape sample (W10) obtained using different gradients and mobile phases composition in the second dimension, as indicated. Figure S5. 2D plots obtained under the optimum separation conditions for the grape samples of different ripening degree (W1 to W10)., Peer reviewed

Proyecto: //
DOI: http://hdl.handle.net/10261/341750
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oai:digital.csic.es:10261/341750
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PMID: http://hdl.handle.net/10261/341750
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oai:digital.csic.es:10261/341756
Dataset. 2023

TABLE_1_ASSOCIATION MAPPING FOR BROOMRAPE RESISTANCE IN SUNFLOWER.XLSX

  • Calderón González, Álvaro
  • Pérez-Vich, Begoña
  • Pouilly, Nicolas
  • Boniface, Marie-Claude
  • Louarn, Johann
  • Velasco Varo, Leonardo
  • Muños, Stéphane
[Introduction] Sunflower breeding for resistance to the parasitic plant sunflower broomrape (Orobanche cumana Wallr.) requires the identification of novel resistance genes. In this research, we conducted a genome-wide association study (GWAS) to identify QTLs associated with broomrape resistance., [Methods] The marker-trait associations were examined across a germplasm set composed of 104 sunflower accessions. They were genotyped with a 600k AXIOM® genome-wide array and evaluated for resistance to three populations of the parasite with varying levels of virulence (races EFR, FGV, and GTK) in two environments., [Results and Discussion] The analysis of the genetic structure of the germplasm set revealed the presence of two main groups. The application of optimized treatments based on the general linear model (GLM) and the mixed linear model (MLM) allowed the detection of 14 SNP markers significantly associated with broomrape resistance. The highest number of marker-trait associations were identified on chromosome 3, clustered in two different genomic regions of this chromosome. Other associations were identified on chromosomes 5, 10, 13, and 16. Candidate genes for the main genomic regions associated with broomrape resistance were studied and discussed. Particularly, two significant SNPs on chromosome 3 associated with races EFR and FGV were found at two tightly linked SWEET sugar transporter genes. The results of this study have confirmed the role of some QTL on resistance to sunflower broomrape and have revealed new ones that may play an important role in the development of durable resistance to this parasitic weed in sunflower., Peer reviewed

Proyecto: //
DOI: http://hdl.handle.net/10261/341756
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