BUSCADOR RECOLECTA

Statistical data described in the article and the solfware SPSS and the charts with Prism Graphpad 8.0 (Prism). Repetition of all the experiments (two times eachs), check of the controls, assurance of good and reproducible conditions., Experiment performed in the lab, following details described in the publication: https://doi.org/10.1016/j.jip.2023.107911; http://hdl.handle.net/10261/304637, Ministry of Science and Innovation, grant PID2019-104112RB I00 (MCIN/AEI/10.13039/50110001103). The predoctoral contract FPI-UR 2021 (University of La Rioja) support IVD, Peer reviewed

Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología.-- Tutor: Armando González Martín., [ES] La primera vértebra cervical, el atlas, y su morfología han permanecido infraestudiadas hasta muy recientemente a pesar de ser un elemento central de la anatomía humana, al conectar los esqueletos craneal y poscraneal. Esta condición le hace ser informativo de ambos sistemas y la integración y funcionalidad que en estos aplica, así como el patrón locomotor, la postura corporal o la movilidad del cuello, tanto en humanos modernos como en especies homininas extintas. Sin embargo, algunos factores clave de variabilidad como el dimorfismo sexual o la variación poblacional, siguen sin conocerse. Al tratarse de una estructura de difícil preservación en el registro fósil, ha sido necesario elaborar un método de reconstrucción cuantitativa para poder incluir en la muestra varios atlas del registro que se encontraban fragmentados y/o incompletos. La técnica utilizada para llevar a cabo las reconstrucciones y el resto de análisis de esta tesis ha sido la morfometría geométrica de alta densidad, analizando un total de 119 landmarks y semilandmarks de curva en más de 100 atlas de homininos y chimpancés. Tanto dicha reconstrucción como la morfometría geométrica de alta densidad, empleada por primera vez en la literatura para el estudio del atlas, han resultado ser útiles y, gracias a la difusión de los datos, reproducibles. Como primera aproximación al atlas y los aspectos más relevantes de su morfología, estudiamos variabilidad, integración y funcionalidad de este hueso en humanos modernos. Encontramos que el atlas no presenta diferencia de forma entre sexos, aunque sí en cuestión de tamaño, siendo más grande en los individuos masculinos. En cuanto a las diferencias entre poblaciones, encontramos una variabilidad estadísticamente significativa, aunque contraria a lo que cabría esperar dado que el atlas de inuits y africanos no comparte el patrón de acortamiento del torso, presentando una mayor altura vertebral que los europeos. Podríamos pensar que se debería a que la morfología del atlas está más relacionada con el cráneo que con el resto de la columna, pero gracias al análisis de integración sabemos que la integración del atlas es mayor con el axis (C2) que con la base del cráneo. Otro hallazgo importante es que el atlas presenta una integración evolutiva mayor que la estática. Esto quiere decir que el patrón de integración compartido con los chimpancés es más fuerte que el patrón humano, lo que podría desligar la anatomía del atlas del patrón locomotor, apoyando algunas teorías previas acerca de la generalidad de esta estructura en las especies de primates. El último análisis realizado sobre humanos modernos sirvió para encontrar una relación entre la morfología del atlas y la movilidad de las juntas atlanto-occipital y atlanto-axial. El resultado fue positivo y observamos que los atlas con facetas articulares superiores más planas y de mayor longitud, presentan una mayor movilidad, tanto en flexo-extensión como en rotación. Una vez que la variabilidad actual del atlas, su integración y su relación morfofuncional habían sido estudiadas, usamos este conocimiento para estudiar los atlas de especies extintas. Primero, analizamos los atlas del yacimiento de Krapina (Croacia) con el objetivo de analizar la posible presencia de variantes anatómicas en este grupo de neandertales. Estas variantes anatómicas, encontradas en otros individuos de esta especie, se relacionan con una baja diversidad genética de las poblaciones. Los análisis confirmaron la alta frecuencia de variantes anatómicas en este yacimiento y una revisión bibliográfica exhaustiva sugiere que la presencia de variantes anatómicas en individuos del Pleistoceno sería bastante superior a lo que encontramos en la actualidad. Estudiamos además los atlas del yacimiento de El Sidrón (Asturias), lo que permitió ampliar la muestra bien preservada de atlas neandertales adultos en un 25%. La inclusión de estos atlas en la muestra neandertal amplía su variabilidad y refuerza las diferencias morfológicas entre esta especie y la nuestra, que apuntan a una menor lordosis cervical en H. neanderthalensis. Además, estas diferencias apuntan a que el atlas neandertal está relacionado con la particular anatomía del cráneo de esta especie y, probablemente, su morfología sea derivada, ya que presenta varias particularidades anatómicas que no están presentes en ninguna otra especie estudiada. Por último, estimamos la movilidad del atlas de varios neandertales, encontrando que el rango de movimiento de esta especie sería similar al de humanos modernos, no encontrando diferencias significativas. Esto contradice las hipótesis clásicas que consideraban la columna cervical de esta especie más estable y menos móvil que la nuestra. Esta tesis demuestra que muchas de las hipótesis previas acerca del atlas de especies extintas deberían revisarse y estudiarse más en profundidad. De hecho, ya se han hecho los primeros acercamientos a un análisis más exhaustivo de la movilidad de la columna cervical superior. La ontogenia de esta estructura y la ampliación del rango de estudio a la totalidad de la columna cervical son otros de los aspectos que se tratarán en un futuro., [EN] The first cervical vertebra, atlas, and its morphology has remained understudied until very recently despite being a central element of human anatomy, connecting the cranial and postcranial skeletal systems. This condition makes it informative of both systems, their integration and the functionality that applies to them, such as the locomotor pattern, body posture or neck mobility, both in modern humans and extinct hominin species. However, basic factors of variability such as the possible sexual dimorphism of population variation are not known. As the atlas is badly preserved in the fossil record, it has been necessary to develop a quantitative reconstruction method in order to include in the sample several fragmented atlases. The technique used to carry out the reconstructions and the all the analyses in this thesis was high-density geometric orphometrics, analyzing a total of 119 landmarks and curve semilandmarks in more than a hundred atlas of hominins and chipanzees. Both the reconstructions and the high-density geometric morphometrics, used for the first time in the literature for the study of the atlas, have proved to be useful and, thanks to the data sharing, replicable. As a first approach to the atlas and the most relevant aspects of its morphology, we studied variability, integration and functionality of this bone in modern humans. We found that the atlas does not present sexual dimorphism but, as expected, there is a difference in size between sexes. Regarding the possible differences between populations, we found a significant variability, although contrary to what would be expected: the atlas of inuits and Africans does not share the pattern of torso shortening, presenting a greater vertebral height than Europeans. We could think that this is because atlas morphology is more related to the skull than to the rest of the spine, but thanks to the integration analysis we know that the atlas integration is greater with the axis (C2) than with the cranial base. Another important finding is that the atlas has a higher evolutionary integration than the static one. This means that the integration pattern shared with chimpanzees is stronger than the human pattern, which could decouple the atlas anatomy from the locomotor pattern, supporting some previous theories about the generality of this structure in order Primate species. The last analysis performed on modern humans tried to find a relationship between atlas morphology and the mobility of the atlanto-occipital and atlanto-axial joints. The result was positive and we observed that atlases with flatter superior articular facets and greater length show greater mobility, both in flexion-extension and rotation. Once the current variability of atlases, their integration and their morpho-functional relationship had been studied, we used this knowledge to study the atlases of extinct species. First, we analyzed atlases from the Krapina site (Croatia) in order to confirm the presence of a high number of anatomical variants in Neanderthals. These anatomical variants, found in other individuals of this species, are related to a low genetic diversity of populations. The analyses confirmed the high prevalence of anatomical variants in this site and an exhaustive bibliographic review suggests that the presence of anatomical variants in Pleistocene individuals would be much higher than in modern humans. We also studied the atlases from the El Sidrón site (Asturias), which allowed us to increase the well-preserved sample of adult Neanderthal atlases by 25%. The inclusion of these atlases in the Neanderthal sample increases its variability and reinforces the morphological differences between this species and ours, which point to a lower cervical lordosis in H. neanderthalensis. Furthermore, these differences point to the Neanderthal atlas being related to the particular skull anatomy of this species and to the fact that, probably, its morphology is derived, since it presents several anatomical particularities that are not present in any other species studied. Finally, we estimated the mobility of the atlas of several Neanderthals, finding that the range of motion of this species would be similar to that of modern humans, finding no significant differences. This contradicts previous hypotheses that considered the cervical spine of this species to be more stable and less mobile than that of H. sapiens. This thesis demonstrates that many of the previous hypotheses about the atlas of extinct species should be revised and studied in more depth. In fact, the first approaches to a more exhaustive analysis of the mobility of the upper cervical spine have already been made. The ontogeny of this structure and the study of the entire cervical spine are other aspects to be addressed in the future., En cuanto a la financiación, debo agradecer, además de al programa ERASMUS, a la Comisión Europea de Investigación su ayuda a través del plan SYNTHESYS+, mediante los cuales pude costearme las estancias en el Musée de l’Homme de París y la Universidad Libre de Bruselas. Ninguna institución ha financiado directamente esta tesis doctoral, aunque esta no se habría podido llevar a cabo sin el dinero de los proyectos (CGL2015-63648-P, CGL2016-75-109-P y PID2020-115854GB-100) del Ministerio de Economía y Competitividad y Ministerio de Ciencia e Innovación, con los que los equipos y softwares utilizados durante esta tesis fueron adquiridos., Peer reviewed

Versión 1. El artículo en el que se basan los datos fue publicado en Advanced Functional Materials 32(4): 2105767 (2022), Dataset contains the raw data from which the graphs in paper "Thermal properties of nanocrystalline silicon nanobeams"., Grants: European Commission: PHENOMEN - All-Phononic circuits Enabled by Opto-mechanics (713450) NANOPOLY - Artificial permittivity and permeability engineering for future generation sub wavelength analogue integrated circuits and systems (829061), Peer reviewed

[Methods] Synthetic and real network data used in the paper together with the code to perform the simulations. [Usage notes] Networks are provided in .csv format., Congestion emerges when high demand peaks put transportation systems under stress. Understanding the interplay between the spatial organization of demand, the route choices of citizens, and the underlying infrastructures is thus crucial to locate congestion hotspots and mitigate the delay. Here we develop a model where links are responsible for the processing of vehicles, which can be solved analytically before and after the onset of congestion, and provide insights into the global and local congestion. We apply our method to synthetic and real transportation networks, observing a strong agreement between the analytical solutions and the Monte Carlo simulations, and a reasonable agreement with the travel times observed in 12 cities under congested phase. Our framework can incorporate any type of routing extracted from real trajectory data to provide a more detailed description of congestion phenomena and could be used to dynamically adapt the capacity of road segments according to the flow of vehicles, or reduce congestion through hotspot pricing., ICREA Academia, James S. McDonnell Foundation, Spanish Ministry of Universities, European Union–Next Generation EU Recovery, Transformation and Resilience Plan, Universitat de les Illes Balears., Peer reviewed

Congestion emerges when high demand peaks put transportation systems under stress. Understanding the interplay between the spatial organization of demand, the route choices of citizens, and the underlying infrastructures is thus crucial to locate congestion hotspots and mitigate the delay. Here we develop a model where links are responsible for the processing of vehicles, that can be solved analytically before and after the onset of congestion, and providing insights into the global and local congestion. We apply our method to synthetic and real transportation networks, observing a strong agreement between the analytical solutions and the Monte Carlo simulations, and a reasonable agreement with the travel times observed in 12~cities under congested phase. Our framework can incorporate any type of routing extracted from real trajectory data to provide a more detailed description of congestion phenomena, and could be used to dynamically adapt the capacity of road segments according to the flow of vehicles, or reduce congestion through hotspot pricing., Peer reviewed

Repository containing derived data for the manuscript 'Global collision-risk hotspots of marine traffic and the world's largest fish, the whale shark'., Peer reviewed

Metabarcoding assembled DNA sequences corresponding to a region from the 16S and from the ITS2 of bacteria and fungi, respectively, from blueberry crop soils. Filtered phyloseq R objects with DNA sequences, sample/abundance table, sample metadata and taxonomy., Peer reviewed

One hundred twenty-two adult zebra finches, 60 males and 62 females with an average age of 3.52 ± 0.18 years (range 0.97 - 8.64 years) were randomly selected from the birds in an ongoing long-term experiment (see below) at the University of Groningen, the Netherlands (53° 13' 0" N / 6° 33' 0" E). Birds were bred indoors (see below), and after 120 days of age and through this study, were housed in single sex outdoor aviaries (L x H x W: 310 x 210 x 150 cm) with ad libitum access to tropical seed mixture, cuttlebone, water, and sand (but see experimental treatments). In addition, birds were supplemented three times per week, with 0.42 g (per bird) of a commercial nutritional supplement (Bogena, Hedel, the Netherlands)., This data set complies information on meassurements of glucose tolerance obtained from a sample of 122 zebra finches. We tested for a link between the capacity to regulate glucose levels and survival. We also investigated for the effects of ambient factors, age, sex, and manipulated developmental and adult conditions (i.e. natal brood size and foraging cost, in a full factorial design) on glucose tolerance. Glucose tolerance was quantified using the incremental ‘area under the curve’ (AUC), with lower values indicating higher tolerance: a lower depart from baseline levels and faster return to them, after exogenous administration of glucose. Glucose tolerance predicted survival probability in old birds, above the median age, with individuals with higher glucose tolerance showing better survival than individuals with low or intermediate glucose tolerance. In young birds there was no association between glucose tolerance and survival. Experimentally induced adverse developmental conditions did not affect glucose tolerance, but low ambient temperature at sampling and hard foraging conditions during adulthood induced a fast return to baseline levels (i.e. high glucose tolerance). These findings can be interpreted as an efficient return to baseline glucose levels when energy requirements are high, with glucose presumably being used for energy metabolism or storage. Glucose tolerance was independent of sex. Our main finding that old birds with higher glucose tolerance had better survival supports the hypothesis that the capacity to efficiently cope with a physiological challenge predicts lifespan, at least in old birds., Peer reviewed

Tipo de campaña: Campaña de arrastre para la evaluación de recursos pesqueros demersales. Buque: B/O Vizconde de Eza. Fechas: 8 de septiembre al 14 de octubre de 2022. Zona: Atlántico nordeste, Banco de Porcupine, Irlanda, ICES 7bcjk., DISPONIBLE PRÓXIMAMENTE., La campaña de arrastre Porcupine (SP-PORC-Q3) es una campaña de evaluación de recursos demersales, incluida en la coordinación del ICES International Bottom Trawl Survey Working Group (IBTSWG), que el Instituto Español de Oceanografía (IEO) viene realizando en el banco de Porcupine, en aguas irlandesas, desde 2001, a bordo del B/O Vizconde de Eza de la Secretaria General de Pesca. El objetivo principal de la campaña es la estimación de los índices de abundancia de las especies demersales y bentónicas del banco, con especial atención a las especies comerciales explotadas por la flota española en el área: merluza (Merluccius merluccius), rapes (Lophius piscatorius y Lophius budegassa), gallos (Lepidorhombus whiffiagonis y Lepidorhombus boscii) y cigala (Nephrops norvegicus). En 2022, la campaña se desarrollo entre el 8 de septiembre y el 14 de octubre de 2022. El informe detalla los antecedentes, metodología, desarrollo, incidencias y principales resultados de la campaña., Fondo Europeo Marítimo, de Pesca y de Acuicultura, European Maritime, Fisheries and Aquaculture Fund., Contiene: Resumen técnico.-- 1.Introducción.-- 2. Incidencias y desarrollo de la campaña.-- 3. Principales resultados.-- 4. Referencias., No

Esta presentación forma parte del curso del Gabinete de Formación del CSIC impartido por la Unidad de Recursos de Información Científica para la Investigación (URICI-CSIC), "Transformación de la publicación científica en el ámbito del Acceso Abierto: nuevas prácticas para la Ciencia Abierta" celebrada para el personal del CSIC del 18 al 20 de abril de 2023., DISPONIBLE EL 18 DE ABRIL DE 2023., 1. Vías de publicación en acceso abierto.-- 2. Mandato institucional OA CSIC / Otros mandatos.-- 3. Monitorización del mandato OA CSIC.-- 4. DIGITAL.CSIC: repositorio institucional del CSIC.-- 5.Políticas de DIGITAL.CSIC.-- 6.Vías de carga de trabajos.-- 7.Permisos editoriales y licencias.-- 8. Servicios y funcionalidades de DIGITAL.CSIC.-- 9.Ventajas de DIGITAL.CSIC.-- 10. La Editorial CSIC.-- 11. Libros CSIC.-- 12. Revistas CSIC.-- Contacto., Peer reviewed