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Dataset. 2019

SOCIO-ECOLOGICAL FACTORS SHAPE THE OPPORTUNITY FOR POLYGYNY IN A MIGRATORY SONGBIRD

  • Canal, David
  • Schlicht, Lotte
  • Manzano, Javier
  • Camacho, Carlos
  • Potti, Jaime
The dataset contains the information of the pairs breeding in the population during the study years: breeding year (year), identity of the nest box (IDnestbox), its coordinates (GPSLONG & GPSLAT) and number of plot (Plot; there are two plots in the study area) wherein the pair bred. The file also contains the identity of the male (IDmale), the identity of the female (IDfemale), the mating status of the female (Polygyny = scored as 1 for the combination between the polygynous male and the secondary female) and its breeding date (Layingdate = day of the first egg, scored as days after 1st May). . To be published in Behavioral Ecology, Why females pair with already mated males and the mechanisms behind variation in such polygynous events within and across populations and years remain open questions. Here, we used a 19-year dataset from a pied flycatcher (Ficedula hypoleuca) population to investigate, through local networks of breeding pairs, the socio-ecological factors related to the probability of being involved in a polygynous event in both sexes. Then, we examined how the breeding contexts experienced by individuals shaped the spatial and temporal separation between broods of polygamous males. The probability of polygyny decreased with the distance between nests. Indeed, secondary females were often close neighbors of primary females, although the distance between both nests increased slightly with increasing synchrony between them. The probability of polygyny was also related to the breeding time of individuals, since early breeding males were more likely to become polygynous with late breeding females. Throughout the season, there was substantial variation in the temporal separation between primary and secondary broods, and this separation was in turn related to the breeding asynchrony of the polygamous males (in the primary nest) relative to the neighbors. Polygynous males that bred late relative to their neighbors had a short time window to attract a second female and thus the breeding interval between their primary and secondary broods was reduced. Overall, the spatial proximity between polygynous males’ broods and, if the opportunity existed, their temporal staggering are compatible with a male strategy to maximize paternity and reduce the costs of caring for two broods, though the effect of female’s interest, either primary or secondary, cannot be fully ruled out. We highlight that a comprehensive assessment of the breeding contexts faced by individuals is essential to understand individual mating decisions and reconcile the discrepancies raised by previous work on social polygyny., Peer reviewed

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Dataset. 2019

CAIBEX-I: BASIC HYDROGRAPHIC AND CHEMICAL DATA

  • Alonso Pérez, Fernando
  • Álvarez-Salgado, Xosé Antón
  • Arbones, Belén
  • Barton, Eric D.
  • Barreiro, Beatriz
  • Castaño, Mónica
  • Castro, Carmen G.
  • Teixeira, I. G.
  • Froján, M.
  • Graña, R.
  • Neumier, T.
  • Pérez, Fiz F.
  • Pazos Ferreiro, Pilar
  • Villacieros-Robineau, Nicolás
  • Romera-Castillo, Cristina
  • Velo, A.
  • Vieitez dos Santos, Vanesa
  • Villegas-Ríos, David
Este dataset está compuesto por 2 archivos, de los cuales el primero es el conjunto de datos con 191 análisis de muestras de agua de temperatura, salinidad, oxígeno, nutrientes, pH, alcalinidad y clorofila, y el otro (Readme.txt) incluye una pequeña descripción de las variables calculadas, El proyecto CAIBEX es un estudio coordinado para comparar la dinámica y actividad biogeoquímica contrastada que se da entre la zona costera y el océano adyacente en la zona de estudio. Es un programa de observación y modelización multidisciplinar que abarca diferentes escalas espaciales y temporales, incluyendo un estudio del papel de los filamentos en el afloramiento estival del caladero de Cabo Silleiro, Galicia (CAIBEX I) y el afloramiento perenne del caladero de Cabo Guir, Marruecos (CAIBEX III) con especial referencia a sus repercusiones en el reclutamiento/dispersión de paralarvas de pulpo común y a las transformaciones biogeoquímicas experimentadas por el material biogénico producido en la zona costera. La campaña CAIBEX I, realizada a bordo del buque Sarmiento de Gamboa, está enfocada al estudio de las estructuras y procesos a mesoescala del sistema de Cabo Silleiro, y tiene como meta principal la definición de la estructura tri-dimensional física, biológica y biogeoquímica de un filamento de afloramiento y su evolución en el tiempo como función del forzamiento por el viento. Para alcanzar estos objetivos, el plan de campaña se planteó tres modos de operación: 1) un mapeado rápido al principio y al fin de la campaña para localizar el filamento y observar los cambios en el contexto general durante el estudio; 2) varios experimentos de deriva en el filamento para ver el desarrollo de una parcela de agua mientras se traslada de la costa al océano; 3) cortes repetidos a través del filamento para estudiar su desarrollo in situ. En cada estación se realizaron perfiles verticales de temperatura, salinidad y oxígeno disuelto con un SBE911plus CTD. Se realizaron tiradas con una roseta con botellas de 10 L de PVC Niskin para obtener muestras de agua para análisis oxígeno disuelto y nutrientes inorgánicos disueltos. El oxígeno disuelto se determinó por titulación potenciométrica de Winkler. El error estándar analítico estimado fue de 1 μmol/kg. Las muestras de nutrientes se determinaron mediante análisis de flujo segmentado con el autoanalizador Alliance Futura siguiendo a Grashoff et al. (1999) con algunas mejoras (Mouriño y Fraga 1985). Los límites de detección fueron 0,02 μmol/L para nitritos, 0,05 μmol/L para nitratos, amonio y silicato y 0,01 μmol/L para fosfatos. El pH del agua de mar se midió espectrofotométricamente siguiendo a Clayton y Byrne (1993) aplicándose una adición de 0,0047 (DelValls & Dickson, 1998). Las muestras de pH (escala de concentración total de hidrógeno, 25°C) se recogieron directamente en cubetas ópticas cilíndricas de 100 mm de longitud en las que se realizan directamente las medidas. La precisión fue 0,003 unidades de pH. Las muestras de alcalinidad total (TA) se recogieron en frascos de vidrio de 500 ml. El TA se determinó por titulación a pH 4,4 con HCl, según el método potenciométrico de Pérez y Fraga (1987) con una precisión de ±2 micromol/kg, CSIC, 1 data csv ‘29AH200901706_hy1.csv’ file and 1 readme.txt file, Peer reviewed

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Dataset. 2019

NUMERICAL MODEL FOR SIMULATING CO2 INJECTION IN DEEP VOLCANIC AREAS

  • Vilarrasa, Víctor
This dataset is composed of the input files of the numerical model for simulating CO2 injection in deep volcanic areas. The file “GCS_volcanoes_gen.dat” contains the input data of the model, including material properties, initial and boundary conditions and the time intervals. The file “GCS_volcanoes_gri.dat” includes the information on the mesh. The “root.dat” includes the name of the model. To run the simulation, just execute the Code_Bright executable “Cb_v9_3.exe” in a folder that contains the three input files and the executable., This dataset is composed of the input files of the numerical model for simulating CO2 injection in deep volcanic areas. The file “GCS_volcanoes_gen.dat” contains the input data of the model, including material properties, initial and boundary conditions and the time intervals. The file “GCS_volcanoes_gri.dat” includes the information on the mesh. The “root.dat” includes the name of the model. To run the simulation, just execute the Code_Bright executable “Cb_v9_3.exe” in a folder that contains the three input files and the executable., Peer reviewed

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Dataset. 2019

CAIBEX-LOCO: TIME SERIES OF BASIC HYDROGRAPHIC AND CHEMICAL DATA OF THE COASTAL STATION

  • Alonso Pérez, Fernando
  • Álvarez-Salgado, Xosé Antón
  • Barton, Eric D.
  • Barreiro, Beatriz
  • Bastero, Susana F.
  • Carrera, Mónica
  • Castro, Carmen G.
  • Fandiño, M. T.
  • Teixeira, I. G.
  • Granda Grandoso, Francisco de la
  • Infuso, E.
  • Pérez, Fiz F.
  • Vieitez dos Santos, Vanesa
  • Villacieros-Robineau, Nicolás
  • Villegas-Ríos, David
  • Zúñiga, Diana
Este dataset está compuesto por 2 archivos, de los cuales el primero es el conjunto de datos con 72 análisis de muestras de agua de temperatura, salinidad, oxígeno, nutrientes, pH, alcalinidad y clorofila, y el otro (Readme.txt) incluye una pequeña descripción de las variables calculadas, El proyecto CAIBEX es un estudio coordinado para comparar la dinámica y la actividad biogeoquímica contrastada entre la zona costera y el océano adyacente en la zona de estudio. Se trata de un programa multidisciplinar de observación y modelización que abarca diferentes escalas espaciales y temporales, incluyendo un estudio sobre el papel de los filamentos en el afloramiento estival del Cabo Silleiro. Como parte del CAIBEX, la estación fija de la plataforma continental de LOCO (Laboratorio de Observación Oceánico y Costero), se ha realizado un amarre de fondo (70 m, próximo a Cabo Silleiro) sin marca de superficie para evitar la localización visual que incluye un marco de forma piramidal de Sidmar con dos boyas VINY en su interior y un ADP Sontek 500 kHz mirando hacia arriba en el centro. El sitio fue visitado mensualmente durante un año a bordo del R/V Mytilus, para monitorear perfiles verticales de variables físicas, biológicas y geoquímicas y para estimar la producción primaria, la respiración microbiana y las tasas de sedimentación. Cada mes, se realizaba un perfil vertical de temperatura, salinidad, fluorescencia y oxígeno disuelto con un SBE911plus CTD. Se obtuvieron muestras de agua para análisis de oxígeno disuelto, pH alcalinidad y nutrientes inorgánicos disueltos con una roseta con 12 botellas de PVC Niskin de 10 L. El oxígeno disuelto se determinó por titulación potenciométrica de Winkler. El error estándar analítico estimado fue de 1 micromol/kg. Las muestras de nutrientes se determinaron mediante análisis en flujo segmentado con un autoanalizador Alliance Futura siguiendo las metodologías de Grasshoff et al. (1999). Los límites de detección fueron 0,02 micromol/kg para nitritos, 0,05 micromol/kg para nitratos, amonio y silicato y 0,01 micromol/kg para fosfatos. Las muestras de alcalinidad total (TA) y pH (escala de concentración total de hidrógeno, 25°C) se recogieron en frascos de vidrio de 500 ml y se analizaron en pocas horas en el laboratorio base. El pH del agua de mar se midió espectrofotométricamente siguiendo a Clayton y Byrne (1993) aplicándose una adición de 0,0047 (DelValls & Dickson, 1998). La precisión fue 0,003 unidades de pH. La TA se determinó por titulación a pH 4,4 con HCl, según el método potenciométrico de Pérez y Fraga (1987) con una precisión de ±2 micromol/kg., Plan Nacional de Investigación; CSIC, 1 data csv ‘29MY200801105_hy1.csv’ file and 1 readme.txt file, Peer reviewed

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DOI: http://hdl.handle.net/10261/196745
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Dataset. 2019

NEW INSIGHTS IN OOCYTE DYNAMICS SHED LIGHT ON THE COMPLEXITIES ASSOCIATED WITH FISH REPRODUCTIVE STRATEGIES

  • Serrat, Alba
  • Saborido-Rey, Fran
  • García-Fernández, Cristina
  • Muñoz, Marta
  • Lloret, Josep
  • Thorsen, Anders
  • Kjesbu, Olav S.
15 pages, 5 figures, 1 table.-- This article is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License,, Information on temporal variations in stock reproductive potential (SRP) is essential in fisheries management. Despite this relevance, fundamental understanding of egg production variability remains largely unclear due to difficulties in tracking the underlying complex fluctuations in early oocyte recruitment that determines fecundity. We applied advanced oocyte packing density theory to get in-depth, quantitative insights across oocyte stages and seasons, selecting the commercially valuable European hake (Merluccius merluccius) as a case study. Our work evidenced sophisticated seasonal oocyte recruitment dynamics and patterns, mostly driven by a low-cost predefinition of fecundity as a function of fish body size, likely influenced also by environmental cues. Fecundity seems to be defined at a much earlier stage of oocyte development than previously thought, implying a quasi-determinate – rather than indeterminate – fecundity type in hake. These results imply a major change in the conceptual approach to reproductive strategies in teleosts. These findings not only question the current binary classification of fecundity as either determinate or indeterminate, but also suggest that current practices regarding potential fecundity estimation in fishes should be complemented with studies on primary oocyte dynamics. Accordingly, the methodology and approach adopted in this study may be profitably applied for unravelling some of the complexities associated with oocyte recruitment and thereby SRP variability, This work was funded by the Spanish research grant DREAMER, Recruitment Dynamic of European Hake (CTM2015-66676-C2-1-R). A.S. would like to thank the Annenberg Foundation, CA, USA (Grant No. 16-249) and CSIC for supporting a research stay at IMR Bergen, and the University of Girona for the PhD funding program (BR-UdG 2015). Likewise, C.G.-F. would like to thank the Fundación Tatiana Pérez de Guzmán el Bueno for financial support towards her PhD, Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/196760
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Dataset. 2019

SEISMIC STUDY OF THE IBERIAN CRUST, ESCI VALENCIA TROUGH SURVEY

  • Gallart Muset, Josep
  • Vidal, Neus
  • Dañobeitia, Juan José
  • Sàbat, F.
  • Pous, J.
  • Suriñach, Emma
  • Estévez, A.
  • Santisteban, C.
The acquisition parameters of ESCI-Valencia Trough are: streamer 4500 m, 180 channels, group interval 25 m, sample rate 4 ms., The ESCI-Valencia Trough deep vertical reflection profile extends the crustal image of the ECORS-Pyrenees profile to the Mediterranean coast and provides a crustal transect of the NE Iberian margin. It is a 450 km lenght profile in a NW-SE direction between the Tarragona coast and the SE of Mallorca., Comisión Internacional de Ciencia y Tecnología (CICYT); GEO89-0858; GEO90-0733; PB86-0619; C91-0013.--, Peer reviewed

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DOI: http://hdl.handle.net/10261/196885
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oai:digital.csic.es:10261/196901
Dataset. 2019

NATAL EXPERIENCE AND GENETIC BACKGROUND OF PIED FLYCATCHERS

  • Camacho, Carlos
  • Canal, David
  • Martínez-Padilla, Jesús
  • Potti, Jaime
Data set supporting the results of the article "Local adaptation, natal experience, and the evolution of philopatry”. The readme file contains information about the header cells in the datasets. Questions should be addressed to Carlos Camacho (ccamacholmedo@gmail.com). This data set is subjected to a Creative Commons Attribution 4.0 International Licence., This data set includes measurements of breeding success for pied flycatchers stemming from a long-term (2006-2016, N = 951 individuals) cross-fostering experiment conducted in an oak forest (41°04'N 3°27'W) and a pine plantation (40°40'N 4°8'W) of central Spain. Further details of the experimental and field procedures are provided in the article, Peer reviewed

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DOI: http://hdl.handle.net/10261/196901
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oai:digital.csic.es:10261/197045
Dataset. 2019

ARIOS SURVEYS: HYDROGRAPHIC AND CHEMICAL DATA ON SW GALICIAN SHELF

  • Padín, X. A.
  • Doval, M. Dolores
  • Álvarez-Fernández, María Jesús
  • Rey, J.
  • Rellán, Trinidad
  • Fontela, Marcos
  • Broullón, Daniel
  • Mohamed-Santamaría, Sara
  • Gilcoto, Miguel
  • Prego, R.
  • Pérez, Fiz F.
Este dataset está compuesto por 2 archivos, de los cuales el primero es el conjunto de datos con 1421 análisis de muestras de agua de temperatura, salinidad, oxígeno, nutrientes, pH, alcalinidad, clorofila y materia orgánica, y el otro (Readme.txt) incluye una pequeña descripción de las variables calculadas, Durante un año, se estudió la variabilidad a frecuencia mensual (quincenal en la época estival) de los fenómenos de afloramiento y hundimiento en la plataforma gallega frente a la Ría de Vigo y su impacto en las diferentes variables biogeoquímicas y del ciclo del carbono. Se evaluó la importancia relativa de los procesos físicos y biológicos en la variabilidad del sistema del carbonato con especial interés en la acidificación oceánica. Nueve estaciones fueron muestreadas desde el nueve de junio 2017 hasta junio del 2018 desde el borde del talud continental frente Ría de Vigo hasta el interior de la misma en el límite del estuario de San Simón. La salinidad y la temperatura se registraron con una sonda de profundidad de conductividad-temperatura SBE 9/11 conectada al muestreador de roseta con doce botellas de PVC Niskin de 10 L. Las mediciones de la conductividad se convirtieron en valores prácticos de la escala de salinidad con la ecuación de la UNESCO (1986). La precisión de las mediciones de CTD para temperatura y salinidad fueron de 0,004 ºC y 0,005, respectivamente. Las muestras para los análisis de oxígeno disuelto, pH, alcalinidad total, sales de nutrientes, carbono orgánico disuelto fueron recogidas semanalmente con la roseta de 12 botellas Niskin. Para la determinación de nutrientes, las muestras de agua se recogieron en botellas de polietileno de 50 mL y se congelaron (-20ºC) hasta su análisis en el laboratorio utilizando procedimientos estándar de análisis de flujo segmentado. Las precisiones fueron 0,02 micromol/L para nitrito, 0,1 micromol/L para nitrato, 0,05 micromol/L para amonio, 0,02 micromol/L para fosfato y 0,05 micromol/L para silicato. El oxígeno se determinó por titulación potenciométrica de Winkler utilizando un analizador Titrino 720 con una precisión de 0,5 micromol/kg. Las muestras de alcalinidad total (TA) y pH (escala de concentración total de hidrógeno, 25°C) se recogieron en frascos de vidrio de 500 mL y se analizaron en pocas horas en el laboratorio base. El pH del agua de mar se midió espectrofotométricamente siguiendo a Clayton y Byrne (1993) aplicándose una adición de 0,0047 (DelValls & Dickson, 1998). La precisión fue 0,003 unidades de pH. El TA se determinó por titulación a pH 4,4 con HCl, según el método potenciométrico de Pérez y Fraga (1987) con una precisión de 2 micromol/kg, CSIC y Plan Nacional de I+D del Gobierno de España, 1 data csv ‘29MY20170609_hy1.csv’ file and 1 readme.txt file, Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/197045
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oai:digital.csic.es:10261/197292
Dataset. 2019

DECOMPOSITION FERTILITY ISLANDS [DATASET]

  • Prado López, Miguel
  • Pugnaire, Francisco I.
  • Moya-Laraño, Jordi
Litter decomposition in field experiment. A total of 280 mesocosms were settled under and away of 20 individuals of Z. lotus. The litter boxes thus contained either one single species of litter (20 litter boxes for each species and position treatment), 2-sp mixtures (20 litter boxes for each 2-species combination and position treatment) or 3-sp mixtures (20 litter boxes with the 3-species mixture and position treatment)., This study was supported by the Office of Secretary of Public Education of Mexico though the program Further Education Programme for Teachers (UNICACH-110). Further support was provided by the Spanish Research Agency (grant CGL2017-84515-R to FIP and grant CGL2015-66192-R to JML). We thank the Cabo de Gata-Níjar Nature Park for support during field work (permit: 2016-101-657)., Date Date of collection (1 - 07/13/2017, 2 - 01/13/2018, 3 -08/30/2018) Plant Plant (Ziziphus lotus fertility island) ID utmx Geographic Longitude for each plant utmy Geographic Latitude for each plant Box Mesocosm ID Island Location of the mesocosm (Away or Under shrub) Mixtures Litter plant diversity (species richness 1, 2, 3) Species Identity of the litter plant species with three levels: S. tenacissima, C. humilis and R. sphaerocarpa w_inic Litter initial dry mass (g) w_end Litter dry mass (g) after 184, 367 and 597 days in the field, Peer reviewed

DOI: http://hdl.handle.net/10261/197292
Digital.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
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oai:digital.csic.es:10261/197293
Dataset. 2019

SOIL FAUNA FERTILITY ISLANDS [DATASET]

  • Prado López, Miguel
  • Pugnaire, Francisco I.
  • Moya-Laraño, Jordi
Litter decomposition in field experiment. A total of 280 mesocosms were settled under and away of 20 individuals of Z. lotus. The litter boxes thus contained either one single species of litter (20 litter boxes for each species and position treatment), 2-sp mixtures (20 litter boxes for each 2-species combination and position treatment) or 3-sp mixtures (20 litter boxes with the 3-species mixture and position treatment)., This study was supported by the Office of Secretary of Public Education of Mexico though the program Further Education Programme for Teachers (UNICACH-110). Further support was provided by the Spanish Research Agency (grant CGL2017-84515-R to FIP and grant CGL2015-66192-R to JML). We thank the Cabo de Gata-Níjar Nature Park for support during field work (permit: 2016-101-657)., Date Date of collection (1 - 07/13/2017, 2 - 01/13/2018, 3 -08/30/2018) Plant Plant (Ziziphus lotus fertility island) ID utmx Geographic Longitude for each plant utmy Geographic Latitude for each plant Box Mesocosm ID Island Location of the mesocosm (Away or Under shrub) Mixtures Litter plant diversity (species richness 1, 2, 3) Species Identity of the litter plant species with three levels: S. tenacissima, C. humilis and R. sphaerocarpa Predators Abundance of predators Decomposers Abundance of detritivores, Peer reviewed

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DOI: http://hdl.handle.net/10261/197293
Digital.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
oai:digital.csic.es:10261/197293
HANDLE: http://hdl.handle.net/10261/197293
Digital.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
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PMID: http://hdl.handle.net/10261/197293
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Ver en: http://hdl.handle.net/10261/197293
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