BUSCADOR RECOLECTA

[Methods] Data obtained from an acoustic telemetry experiment. The acoustic detection sequence was imported to R software to apply a Hidden Markov Model to separate the active and rest states and obtain the circadian-related traits., This dataset contains the necessary data to replicate the work entitled 'Circadian-related behavioural types in free-living marine fish revealed by high-throughput telemetry'. The data were obtained through a high-resolution acoustic telemetry experiment tracking a population of pearly razorfish between April and September 2019. The time series of detections were imported into the R computing environment. We discretized the detections generated by the individuals into bins of 5 minutes (time-steps). We fitted a Hidden Markov Model (HMM) to probabilistically assign two behavioural states to each temporal bin: rest (R) or active (A). We used a zero-inflated Poisson HMM implemented in the ziphsmm package. During these months, two different periods in the reproduction of this species were included: the pre-spawning period and the spawning period. For this purpose, the data were separated into two different datasets: the pre-spawning period dataset, which contains all individuals tracked for at least seven days between April 30 and May 31, and the spawning period dataset, which includes all individuals tracked for at least seven days between June 15 and July 31. The data between June 1 and June 15 were discarded due to maintenance tasks on the acoustic receivers. The data from August and September were discarded due to low data yields. Finally, a third dataset was created, which includes individuals tracked for at least seven days in each period. The three datasets are configured in the same manner, with ID as the identifier for each individual, Day as the tracking date, Dayn as the day of the trial, Awakening Time as the activity onset time in minutes relative to sunrise, Rest Onset as the rest onset time in minutes relative to sunset, RelActivityDuration as the active hours (calculated as the difference between the awakening time and rest onset) relative to daylight hours (calculated as the difference between sunrise and sunset), RelRestDuration as the resting hours (calculated as the difference between the rest onset time and awakening time of the next day) relative to night hours (calculated as the difference between sunset and sunrise of the next day), RelRestMidpoint as the midpoint of the rest relative to the middle of the night, Sex, Size (cm), Period, CHL as the concentration of chlorophyll (Relative Fluorescence Units, RFU), CurrentDirection as the direction in degrees of the surface current, CurrentSpeed as the speed in m/s of the surface current, Light as the daily mean light (lux), O2 as the concentration of dissolved oxygen in water (mV), Salinity (PSU), Temperature as the daily mean temperature (ºC), WavesHeight as the daily mean wave height (m), and WindSpeed as the speed in m/s of the wind., The research was carried out within the framework of the activities of the Spanish Government through the "Maria de Maeztu Centre of Excellence" accreditation to IMEDEA (CSIC-UIB) (CEX2021-001198). The CLOCKS I+D+I project funded this work (grant no. PID2019-104940GA-I00) funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 and the FSE invierte en tu futuro. The telemetry system was financed by the German Federal Ministry of Education and Research (Grant No. #033W024A)., With funding from the Spanish government through the ‘Severo Ochoa Centre of Excellence’ accreditation (CEX2021-001198)., Pre-Spawning_Dataset, Spawning_Dataset, BothPeriods_Dataset., Peer reviewed

[Description of methods used for collection/generation of data] The data derived from the laboratory were obtained through various standardised tests, and recorded to gather behavioural data. For exploration and activity, positional data were acquired via a deep-learning object detection algorithm /YOLOv5). In the case of boldness and aggression, data were obtained by subsequently reviewing the videos. Regarding chronotypes, data were obtained from an acoustic telemetry experiment, but here we present only the scores obtained in a previous study., This dataset encompasses all necessary data required to replicate the study, `Chronotypes-Personality behavioural syndromes in wild fish’. The data were obtained through standardised behavioural tests conducted under laboratory conditions on 63 Pearly Razorfish (Xyrichtys novacula) individuals between April and July of 2019. Over a week, the fish were maintained in isolated aquariums to test their behaviours, including exploration, activity, boldness, and aggression, conducted daily. A Raspberry Pi system, equipped with the YOLOv5 deep-learning automatic tracking algorithm, was used to record these tests and calculate the fish's minute-by-minute position, providing essential data for evaluating exploration and activity. This system also stored videos to retrospectively obtain boldness and aggression data. Each test included only those individuals with at least two measurements. After the laboratory period, the fish were tagged with acoustic tags and returned to the sea to measure their chronotypes; only individuals with at least seven consecutive days of data were considered. The chronotype data, obtained from a previous study, are represented here through the previously derived scores. These laboratory-based experimental data were analysed using R software. In the exploration context, positional data were translated into total active time (TimeOut), minimum distance to the toy (MinDistance), and time spent near the toy (TimeToy). For activity, the data were converted into total active time (TimeOut), total distance covered (Distance), areas (CoreArea and Area), and direction angles (MeanAngle and KappaAngle). A Principal Component Analysis (PCA) was conducted to obtain the scores for exploration, activity, and aggressiveness. Upon acquiring these scores, trait repeatability was computed using a Linear Mixed-Effects Model, fitting the experimental day (Day), the total length of the individual (Size), and the internal condition (Condition) as fixed factors, and the individual (ID) and the experimental week (Week) as random factors. The chronotype scores (Awakening Time and Rest Onset) were subsequently included in each dataset and refitted into the Linear Mixed-Effects Model, including chronotypes as fixed factors. Lastly, a Multivariate Generalised Linear Mixed Model was fit to each pair of laboratory-based traits to derive their correlations., The research was carried out within the framework of the activities of the Spanish Government through the "Maria de Maeztu Centre of Excellence" accreditation to IMEDEA (CSIC-UIB) (CEX2021-001198). The CLOCKS I+D+I project funded this work (grant no. PID2019-104940GA-I00) funded by MCIN/AEI/10.13039/501100011033 and the FSE invierte en tu futuro. The telemetry system was financed by the German Federal Ministry of Education and Research (Grant No. #033W024A). This work is a contribution of the Joint Researcher Unit IMEDEA-LIMIA., With funding from the Spanish government through the "Severo Ochoa Centre of Excellence" accreditation (CEX2021-001198)., Peer reviewed

This item is made of 2 files, of which 1 is the dataset in matlab format and the other (Readme .txt) include a small description of the computed variables. Dataset contributed to the Projects CAIBEX and RAIA.-- Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0). The authors appreciate that users of these data: 1) Contact Des Barton (e.d.barton@iim.csic.es; barton.des@gmail.com ) to follow the uses of the data, and 2) Include the requested acknowledgment (cite using the DOI of this dataset) in any presentations or publications, From November 2008 to April 2010, an upward-looking Sontek 500 ADP (configured for 3 m cell size and 5 minute sampling interval) was moored on the seabed in 75 m water depth at 42.083°N and 8.933ºW (RAIA station) near Cape Silleiro (NW Iberia, Atlantic Ocean). Each of the 25 current-velocity vertical levels were averaged every 10 minutes, This work has been funded by the Spanish Ministry of Education project “CAIBEX Shelf–ocean exchanges in the Canaries–Iberian Large Marine Ecosystem” (CTM2007–66408–C02–01/MAR, CTM2007–30809–E/MAR, CTM2008–05305–E/MAR); RAIA: ‘Observatorio oceánico del margen Ibérico’ (INTERREG 2009/2011; 0313/RAIA/E) ; and RAIA.co: ’Observatorio marino del margen ibérico y del litoral’ (INTERREG 2011/2013; 052/RAIA.co/1E), Peer reviewed

This item is made of 2 files, of which 1 is the dataset in matlab format and the other (Readme .txt) include a small description of the computed variables. Dataset contributed to the Projects CAIBEX and RAIA.-- Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0). The STRAMIX team appreciates that users of these data: 1) Contact Des Barton (e.d.barton@iim.csic.es; barton.des@gmail.com ) or Carmen G. Castro (cgcastro@iim.csic.es) to follow the uses of the data, and 2) Include the requested acknowledgment (cite using the DOI of this dataset) in any presentations or publications, From January to November 2009, 4 hydrographic cruises were carried out along a 42.1°N across-shelf section, near Cape Silleiro (NW Iberia, Atlantic Ocean). These cruises sampled along seven equally spaced stations from the position of the coastal Silleiro buoy at 8.93 °W (75 m depth) to a station located at 9.44°W (~580 m depth, Figure 1). A CTD (Seabird 25) equipped with fluorescence, turbidity and transmittance sensors was used for these hydrographic cruises. The cruises started at the shallow station between 08:00 to 11:00, and ended at the deepest station between 12:00 to 15:00, This work has been funded by the Spanish Ministry of Education project “CAIBEX Shelf–ocean exchanges in the Canaries–Iberian Large Marine Ecosystem” (CTM2007–66408–C02–01/MAR, CTM2007–30809–E/MAR, CTM2008–05305–E/MAR); RAIA: ‘Observatorio oceánico del margen Ibérico’ (INTERREG 2009/2011; 0313/RAIA/E) ; and RAIA.co: ’Observatorio marino del margén ibérico y del litoral’ (INTERREG 2011/2013; 052/RAIA.co/1E), No

Este dataset está compuesto por 2 archivos, de los cuales el primero es el conjunto de datos con 1421 análisis de muestras de agua de temperatura, salinidad, oxígeno, nutrientes, pH, alcalinidad, clorofila y materia orgánica, y el otro (Readme.txt) incluye una pequeña descripción de las variables calculadas, Durante un año, se estudió la variabilidad a frecuencia semanal de los fenómenos de afloramiento y hundimiento en la plataforma gallega frente a la Ría de Vigo y su impacto en las diferentes variables biogeoquímicas y del ciclo del carbono. Se evaluó la importancia relativa de los procesos físicos y biológicos en la variabilidad de la pCO2. Se determinaron las tasas netas de producción de especies de carbono en el ecosistema (DIC, POC, DOC) para evaluar la importancia relativa de la acumulación versus la exportación de fracciones orgánicas disueltas y partículas recién formadas. El trabajo de campo también desarrolla el estudio de las composiciones elementales y bioquímicas de (1) la materia orgánica disuelta en el agua de mar, (2) las partículas blandas y duras suspendidas en el agua y (3) los materiales biogénicos que han sido mineralizados en la columna de agua del sistema de afloramiento del noroeste ibérico. Cuatro estaciones fueron muestreadas semanalmente desde mayo de 2001 hasta abril de 2002 entre la plataforma de separación y el centro de la Ría de Vigo (45 m de profundidad). La salinidad y la temperatura se registraron con una sonda de profundidad de conductividad-temperatura SBE 9/11 conectada al muestreador de roseta con doce botellas de PVC Niskin de 10 L con muelles internos de acero inoxidable. Las mediciones de la conductividad se convirtieron en valores prácticos de la escala de salinidad con la ecuación de la UNESCO (1986). La precisión de las mediciones de CTD para temperatura y salinidad fueron de 0,004 DEG-C y 0,005, respectivamente. Las muestras para los análisis de oxígeno disuelto, pH, alcalinidad total, sales de nutrientes, carbono orgánico disuelto y particulado y nitrógeno fueron recogidas semanalmente con la roseta de 12 botellas Niskin. Para la determinación de nutrientes, las muestras de agua se recogieron en botellas de polietileno de 50 ml y se mantuvieron frías (4ºC) hasta su análisis en el laboratorio utilizando procedimientos estándar de análisis de flujo segmentado. Las precisiones fueron 0,02 microM para nitrito, 0,1 microM para nitrato, 0,05 microM para amonio, 0,02 microM para fosfato y 0,05 microM para silicato. El oxígeno se determinó por titulación potenciométrica de Winkler utilizando un analizador Titrino 720 con una precisión de 0,5 micromol/kg. Las muestras de alcalinidad total (TA) y pH (escala de concentración total de hidrógeno, 25°C) se recogieron en frascos de vidrio de 500 ml y se analizaron en pocas horas en el laboratorio base. El pH del agua de mar se midió espectrofotométricamente siguiendo a Clayton y Byrne (1993) aplicándose una adición de 0,0047 (DelValls & Dickson, 1998). La precisión fue 0,003 unidades de pH. El TA se determinó por titulación a pH 4,4 con HCl, según el método potenciométrico de Pérez y Fraga (1987) con una precisión de ±2 micromol/kg, La materia orgánica suspendida se recolectó bajo vacío en filtros precombustionados (450ºC, 4 horas) Whatman GF/F de 25 mm de diámetro y 0,7 micrómetros de tamaño nominal de poro (POC/PON, 0,5-1,5 L de agua de mar). Todos los filtros se secaron durante la noche y se congelaron (-20ºC) antes del análisis. Las mediciones de POC y PON se realizaron con un analizador Perkin Elmer 2400 CHN. Se utilizó un estándar de acetanilida diariamente. La precisión del método es de 0,3 micromol C/L y 0,1 micromol N/L. La materia orgánica disuelta se recolectó en frascos de 500 ml limpiados con ácido y se filtraron a través de filtros precombustionados (450°C, 4 horas) Whatman GF/F de 47 mm de diámetro (tamaño nominal de poro, 0,7 mm) en un sistema de filtración de vidrio limpiado con ácido, a baja presión de flujo N2. Las alícuotas para el análisis de DOC/DON se recogieron en ampollas de vidrio precombustionadas de 10 mL (450 °C, 12 horas). Después de la acidificación con H3PO4 a pH<2, las ampollas fueron termoselladas y almacenadas en la oscuridad a 4°C hasta el análisis. DOC y DON se midieron simultáneamente con un detector de quimioluminiscencia de óxido nítrico Antek 7020 específico de nitrógeno, acoplado en serie con el analizador de gas infrarrojo específico de carbono de un analizador de carbono orgánico Shimadzu TOC-5000 (Alvarez-Salgado y Miller, 1998). La precisión es de 0,7 micromol C/L para el carbono y 0,2 micromol N/L para el nitrógeno, CSIC y Plan Nacional de I+D del Gobierno de España, Peer reviewed

Este dataset está compuesto por 2 archivos, de los cuales el primero es el conjunto de datos con 203 análisis de muestras de agua de temperatura, salinidad, oxígeno, nutrientes, pH, alcalinidad, clorofila y materia orgánica disuelta y particulada, y el otro (Readme.txt) incluye una pequeña descripción de las variables calculadas, REMODA se centra en el estudio del origen y destino de la materia orgánica disuelta en la Ría de Vigo a escalas temporales corta (3–4 días) y estacional. Se combinan medidas de variables de estado relevantes (carbono y nitrógeno orgánico, carbohidratos, fluorescencia tanto de la materia orgánica disuelta como en suspensión) con tasas de producción/consumo, tanto microbiano como fotoquímico (oxigeno, fluorescencia). Estas se relacionan con las condiciones, meteorológicas, termohalinas e hidrodinámicas del medio. Se muestrearon tres estaciones en una sección transversal en el centro de la Ría de Vigo. La estación central con 45 m de profundidad, se ha realizado un amplió muestreo de variables de estado. La salinidad y la temperatura se registraron con una sonda de profundidad de conductividad-temperatura SBE 9/11 conectada al muestreador de roseta con doce botellas de PVC Niskin de 10 L con muelles internos de acero inoxidable. Las mediciones de la conductividad se convirtieron en valores prácticos de la escala de salinidad con la ecuación de la UNESCO (1986). La precisión de las mediciones de CTD para temperatura y salinidad fueron de 0,004 ºC y 0,005, respectivamente. Para la determinación de oxígeno disuelto, las muestras se recogieron directamente en frascos de vidrio calibrados de 110 mL y, tras la fijación con Cl2Mn y NaOH/NaI, se mantuvieron en la oscuridad hasta su análisis en el laboratorio 24 horas más tarde. El oxígeno se determinó por titulación potenciométrica del punto final de Winkler utilizando un analizador Titrino 720 (Metrohm) con una precisión de 0,5 micromol/kg., Para la determinación de nutrientes, las muestras de agua se recogieron en botellas de polietileno de 50 ml y se mantuvieron frías (4ºC) hasta su análisis en el laboratorio utilizando procedimientos estándar de análisis de flujo segmentado. Las precisiones fueron 0,02 microM para nitrito, 0,1 microM para nitrato, 0,05 microM para amonio, 0,02 microM para fosfato y 0,05 microM para silicato. Las muestras de alcalinidad total (TA) y pH (escala de concentración total de hidrógeno, 25°C) se recogieron en frascos de vidrio de 500 ml y se analizaron en pocas horas en el laboratorio base. El pH del agua de mar se midió espectrofotométricamente siguiendo a Clayton y Byrne (1993) aplicándose una adición de 0,0047 (DelValls & Dickson, 1998). La precisión fue 0.003 unidades de pH. El TA se determinó por titulación a pH 4,4 con HCl, según el método potenciométrico de Pérez y Fraga (1987) con una precisión de ±2 micromol/kg. La materia orgánica suspendida se recolectó bajo vacío en filtros precombustionados (450ºC, 4 horas) Whatman GF/F de 25 mm de diámetro y 0,7 micrómetros de tamaño nominal de poro (POC/PON, 0,5-1,5 L de agua de mar). Todos los filtros se secaron durante la noche y se congelaron (-20ºC) antes del análisis. Las mediciones de POC y PON se realizaron con un analizador Perkin Elmer 2400 CHN. Se utilizó un estándar de acetanilida diariamente. La precisión del método es de 0,3 microM para el carbono y 0,1 microM para el nitrógeno. La determinación de fósforo orgánico particulado (POP), se siguieron los mismos procedimientos de recolección y almacenamiento que para POC/PON, después de la filtración de 250 ml de agua de mar. Se determinó por digestión H2SO4/HClO4 a 220°C del material particulado recogido en los filtros GF/F de Whatman. El ácido fosfórico producido se analizó, tras la neutralización, mediante el procedimiento SFA para el fosfato. Los estándares de fosfato se aplicaron todos los días de análisis. La precisión para todo el análisis fue de 0.02 microM., La materia orgánica disuelta se recolectó en frascos de 500 ml limpiados con ácido y se filtraron a través de filtros precombustionados (450°C, 4 horas) Whatman GF/F de 47 mm de diámetro (tamaño nominal de poro, 0,7 mm) en un sistema de filtración de vidrio limpiado con ácido, a baja presión de flujo N2. Las alícuotas para el análisis de DOC/DON se recogieron en ampollas de vidrio precombustionadas de 10 mL (450 °C, 12 horas). Después de la acidificación con H3PO4 a pH<2, las ampollas fueron termoselladas y almacenadas en la oscuridad a 4°C hasta el análisis. DOC y DON se midieron simultáneamente con un detector de quimioluminiscencia de óxido nítrico Antek 7020 específico de nitrógeno, acoplado en serie con el analizador de gas infrarrojo específico de carbono de un analizador de carbono orgánico Shimadzu TOC-5000 (Alvarez-Salgado y Miller, 1998). La precisión es de 0,7 microM para el carbono y 0,2 microM para el nitrógeno. Las muestras para la determinación de fosforo orgánico disuelto fueron recolectadas y filtradas como se indica para las muestras DOC/DON. El filtrado se recogió en contenedores de polietileno de 50 mL y se congeló a -20°C hasta su análisis. Se midió mediante el sistema SFA para fosfato, tras la oxidación con Na2S2O8/borax y la radiación UV (Armstrong et al., 1966). Sólo se analizan los ésteres orgánicos monofosfóricos, ya que los polifosfatos son resistentes a este procedimiento de oxidación. Calibraciones diarias con fosfato, fosfato de fenilo y adenosina 5'-monofosfato (AMP) en de agua de mar. Se analizaron las normas de AMP para calcular la recuperación de los ésteres monofosfóricos (alrededor del 80%). La precisión del método se estimó en 0,04 microM, CSIC y Plan Nacional de I+D del Gobierno de España, 1 data csv ‘29MY20020702_hy1.csv’ file and 1 readme.txt file, Peer reviewed

Este dataset está compuesto por 2 archivos, de los cuales el primero es el conjunto de datos con 371 análisis de muestras de agua de temperatura, salinidad, oxígeno, nutrientes, pH, alcalinidad, clorofila y materia orgánica, y el otro (Readme.txt) incluye una pequeña descripción de las variables calculadas, La zona costera de transición del noroeste de la Península Ibérica fue objeto de muestreo en tres cruceros realizados del 4 al 2 de diciembre de 2004, del 7 al 14 de febrero y del 23 al 30 de octubre de 2005 a bordo del buque oceanográfico "Cornide de Saavedra". Se muestreo a lo largo de un transecto latitudinal centrado a 41.92°N, cerca de la desembocadura del río Miño y otro frente a la Ría de Vigo. Un total de 5 a 7 estaciones fueron ocupadas durante cada crucero. La salinidad y la temperatura se registraron con una sonda de profundidad de conductividad-temperatura SBE 9/11 conectada al muestreador de roseta con doce botellas de PVC Niskin de 10 L con muelles internos de acero inoxidable. Las mediciones de la conductividad se convirtieron en valores prácticos de la escala de salinidad con la ecuación de la UNESCO (1986). La precisión de las mediciones de CTD para temperatura y salinidad fueron de 0,004 DEG-C y 0,005, respectivamente. Las muestras para los análisis de oxígeno disuelto, pH, alcalinidad total, sales de nutrientes, carbono orgánico disuelto y particulado y nitrógeno fueron recogidas semanalmente con la roseta de 12 botellas Niskin. Para la determinación de nutrientes, las muestras de agua se recogieron en botellas de polietileno de 50 ml y se mantuvieron frías (4ºC) hasta su análisis en el laboratorio utilizando procedimientos estándar de análisis de flujo segmentado. Las precisiones fueron 0,02 micromol/kg para nitrito, 0,1 micromol/kg para nitrato, 0,05 microM para amonio, 0,02 micromol/kg para fosfato y 0,05 micromol/kg para silicato. El oxígeno se determinó por titulación potenciométrica de Winkler utilizando un analizador Titrino 720 con una precisión de ±0,5 micromol/kg. Las muestras de alcalinidad total (TA) y pH (escala de concentración total de hidrógeno, 25°C) se recogieron en frascos de vidrio de 500 ml y se analizaron en pocas horas en el laboratorio base. El pH del agua de mar se midió espectrofotométricamente siguiendo a Clayton y Byrne (1993) aplicándose una adición de 0,0047 (DelValls & Dickson, 1998). La precisión fue 0,003 unidades de pH. El TA se determinó por titulación a pH 4,4 con HCl, según el método potenciométrico de Pérez y Fraga (1987) con una precisión de ±2 micromol/kg. La materia orgánica suspendida se recolectó bajo vacío en filtros precombustionados (450ºC, 4 horas) Whatman GF/F de 25 mm de diámetro y 0,7 micrómetros de tamaño nominal de poro (POC/PON, 0,5-1,5 L de agua de mar). Todos los filtros se secaron durante la noche y se congelaron (-20ºC) antes del análisis. Las mediciones de POC y PON se realizaron con un analizador Perkin Elmer 2400 CHN. Se utilizó un estándar de acetanilida diariamente. La precisión del método es de 0,3 micromol C/L y 0,1 micromol N/L, CSIC y Plan Nacional de I+D del Gobierno de España, 1 data csv ‘29CS20041004_hy1.csv’ file and 1 readme.txt file, Peer reviewed